简要回答一下，为什么会有两种归部的方式
第一种是由《康熙字典》为代表的偏专业性辞书（《汉语大字典》、《汉语大词典》也是以康熙部首为蓝本稍有调整），可以简单认为其是按照字理归部的，就不展开讲了
第二种是《新华字典》、《现代汉语词典》等偏日常和教学用的辞书，依据是《GB 13000.1 字符集汉字部首归部规范》，简单粗暴地以从上到下、从左到右来选择部首（当然还有细节规则）
为什么会有后者这样的不依字理的归部方式呢？在《GB 13000.1 字符集汉字部首归部规范》中提到，此规范用于中文信息处理领域，也可用于辞书编撰和教学参考。
我个人的理解是：(1) 在中文信息处理的场景中，字理（大概）是无用的信息，字形和编码对应就可以了；(2) 在日常和教学的场景中，字理不是必学内容，这样可以方便不了解字理的群众查字典
其实一个字是什么部首，终究还是要看使用的是哪本辞书，至于以哪本辞书为准，应该还是要看教学大纲的规定吧
