按时间线来说吧
辉夜传
千年前，一棵神树从天而降，贪婪地吸收大自然的能量和附近的人。之后天降女神 大筒木辉夜，她本来是被派来守护神树的，但是辉夜却爱上了祖之国的天子并怀上了他的孩子，（当时所谓的国家也不过是一些小村落而已），有其他国家来侵略祖之国，辉夜展示了骇人的实力斩杀了敌人，而祖之国天子却为了逃避战争反而追杀辉夜。辉夜在逃亡中，吃下了本该献给家族的神树的果实，发动了无限月读把所有人（就是火影世界观里面的所有人类）都禁锢了起来。之后辉夜生下了羽衣（长子，继承了血轮眼，也是忍宗创始人，六道仙人）和羽村（次子，继承了白眼），私吞果实，辉夜怕被家族报复，于是把被无限月读禁锢的部分人变成了白绝大军，另一部分释放，来侍奉自己。后来一只蛤蟆（后来的蛤蟆仙人）策反了羽衣，并传授他仙术，让他阻止辉夜。辉夜操纵羽村决斗羽衣，羽衣杀了羽村，并开启了轮回眼，并复活了羽村。辉夜将神树变成了十尾，决战羽衣和羽村，羽衣和羽村联手使用地爆天星，用地面的岩石把辉夜封印形成了月亮。辉夜的意识变成了一团黑色的东西逃走了，也就是后来的黑绝。
六道仙人传
不过羽衣和羽村都没有注意到黑绝的存在，事后羽村前往月球守护封印，羽衣留在地球，他把十尾的力量分成了9份，并将查克拉分给了全人类，之后他取了人类妻子，生下了 因陀罗（继承了写轮眼）和阿修罗（继承了仙人体质），因陀罗孤傲且天赋异禀，他发明了忍术，并教给了大家。阿修罗和善且平易近人。羽衣不知让谁继承自己的衣钵，于是派两人去两个不同的地方帮助别人挖井。因陀罗靠自己的力量很快挖完，结果因陀罗离开后，村人为了争夺水井，互相攻打而灭亡。阿修罗和村里人一起，挖了一年才挖完，村里人同甘共苦，并没有争斗。于是羽衣指定阿修罗继承了忍宗，因陀罗不服，杀了两名族人，开启了万花筒写轮眼，决战阿修罗，此时的阿修罗已经继承了六道之力，但没有完全掌握，在村人的帮助下，阿修罗领悟了木遁仙术，使用了木遁大佛，强拆了因陀罗的须佐能乎。因陀罗离开了忍宗，创立了宇智波一族。而阿修罗创立了千手一族。两人的转世世代相杀，永无止境。
宇智波斑传
这个时间差不多是火影故事正式开始的八十多年前，此时还没有国家的概念，各个势力以族群为单位相互攻伐，其中整个忍界最强的两族就是宇智波一族和千手一族，宇智波一族的族长是宇智波斑，千手一族的族长是千手柱间，两人年幼时在不知对方身份的情况下成了好友，又在知道了对方的身份的情况下无奈相残。成年后斑的眼睛因为长时间使用万花筒写轮眼失明了，再后来斑的弟弟泉奈被柱间的扉间所杀，临死前，泉奈挖出了自己的眼睛给了斑，斑开启了永恒万花筒再次向千手宣战，结果还是输了。柱间也受够了无限无止的战斗，在感化了斑之后，他们携手创立了木叶村。斑在祖庙发现了一个密室，石碑上刻着六道仙人的所写的话，只有拥有至高瞳力的人才能读懂。上面记载着写轮眼、万花筒、永恒万花筒、轮回眼的开启办法，尾兽的控制方法以及无限月读（无限月读是黑绝偷偷篡改的，这让斑误以为开启无限月读就能拯救世界，实际上这会复活辉夜）。于是斑离开了木叶，找到并控制了九尾，再次决战柱间。柱间使用了木遁大佛，又强拆了须佐，地面凹陷成大坑(形成了后来的终结之谷)。所有人都以为斑在这次决斗中死亡，实际上，斑使用伊邪纳岐改写了自己被杀的现实，柱间疑似在此战后不久死去。战斗期间斑取得了柱间的部分肉，之后缝合在自己身上。斑直到变成了一把老骨头的时候，才开启了轮回眼。阳寿将尽，斑偷偷把自己的眼睛移植给了漩涡一族的漩涡长门，漩涡一族是千手一族的血亲，而斑自己则依靠外道魔像的管子提供的养分苟延残喘，等待时机开启无限月读。
前三次忍界大战
我们稍微把时间回溯一点，
第一次忍界大战：木叶建立之后，其他族也效仿木叶建立了国家。在木叶的绝对实力下，柱间把九只尾兽分给各个国家，以均衡实力（类似核威慑），各国同意和平。然而柱间的身亡，让这个威慑不再。在雷影和火影在结盟仪式上，雷影村的金角银角政变，打伤了二代雷影和二代火影，扉间为了掩护部下撤退，留下断后而牺牲。
第二次忍界大战：一战后约20年，国家间贫富差距拉大，各国开始武力扩张。雨之国和木叶的战争结束后，自来也收留了雨隐的三个孤儿，弥彦小南和长门，自来也看见了长门的轮回眼，想起蛤蟆仙人和自己说过，说自来也的一个弟子会毁灭世界或拯救世界。自来也以为长门就是那个能拯救世界的天选之子，这次忍界大战还发生了其他事，省略，因为只能当支线。自来也离开后，弥彦小南和长门为了雨之国的和平奔走，并建立的晓组织。
第三次忍界大战：这次牵连影响故事主线的事件有两个，其他事情也省略。
1.年仅4岁的宇智波鼬，亲眼目睹战争的残酷之后，心理萌发了一个念头，和平胜于一切。
2.神无毗之战（这段内容来自《卡卡西外传》），波风水门带着12岁的新晋上忍卡卡西以及另外两个弟子宇智波带土和琳，4人去切断岩隐用来提供补给的大桥，神无毗桥。水门领了一半路，改正面牵制敌人，让卡卡西带领其他两人去破坏神无毗桥。之后琳被敌人捉走，营救琳的过程中，卡卡西被敌人砍瞎了左眼，带土被岩石压碎了右半身，在琳的帮助下，带土把左眼移植给了卡卡西。卡卡西击杀敌人后，岩隐的增援赶到。带土被土遁推走，卡卡西和琳最终被赶回来的水门所救。大家都以为带土死了，啊，其实并没有。（以下内容来自后期带土的回忆），带土意外掉落到斑所在的密室，斑用初代火影细胞填补了带土的右半身。并告诉了他月之眼计划，希望他帮忙实现。而带土阳奉阴违，数月的康复训练之后，带土跑出密室去找卡卡西和琳，却意外看见卡卡西用千鸟贯穿了琳的胸膛（而这实际上是斑安排的）。卡卡西的左眼和带土的右眼同时变成了万花筒，卡卡西昏厥，带土发狂，大开杀戒，在木遁和万花筒的虚化能力之下，一群雾隐毫无招架之力。带土回头同意了斑的月之眼计划。斑把黑绝交给了带土，拔掉管子，等待带土复活自己。
九尾事件
宇智波虽然是木叶创始一族，但是种种原因让宇智波不受待见，在木叶也只能做做看管犯人的工作。九尾的人柱力是四代火影的妻子漩涡玖辛奈，漩涡一族天生拥有封印术体质（和庞大的查克拉储量），此时恰逢玖辛奈临盆，封印能力减弱，带土（带着面具），捉走了玖辛奈，释放了九尾袭击木叶。因为只有写轮眼能控制九尾，大家一致认为是宇智波做的（也确实是宇智波的人做的），而不肯让宇智波一族对付九尾。此次事件的结果，四代的孩子鸣人（我们的主角）出生，四代把九尾和它一半的力量封印到鸣人体内，玖辛奈和四代死于九尾。木叶大量忍者也死于九尾。
碎碎叨叨的前置事件。
1.晓组织为了和平而努力，团藏却蛊惑山椒鱼半藏（人称半神，二战中，一人对付大蛇丸、纲手、自来也不落下风）毁灭晓组织（可能团藏是想用把邻国搞乱的方法维持木叶一家独大，怎么样，是不是想起了现实中的某国），弥彦因战身亡，长门因战双腿残疾。后来长门把弥彦和另外五人的尸体做成了佩恩六道，并用弥彦的肉体（天道），杀了山椒鱼半藏。自此 一个自称为神的重度中二病的晓组织头领就这样出现了。
2.木叶的实力已经空前衰落，宇智波一族准备政变。假如宇智波真的政变，木叶实力大耗之后，必然被其他国家入侵。于是宇智波鼬把这事汇报给了木叶上层，上层经过商议后，团藏给鼬下达了一个命令，让鼬杀掉宇智波全族。此时鼬13岁，鸣人佐助7岁。火影里面最有争议的事件出现了，鼬照做了。并告诉佐助这是为了测试他的器量这种荒诞的理由而离开了。鼬变成了叛忍，加入了晓。
3.此后佐助为自己定的人生目标只有一件事，杀了鼬。为此他努力学习，提升自己，并常年全校第一。鸣人的童年则相同也大不相同，为了保护鸣人，三代火影下令谁都不许提鸣人就是九尾的事情，但是村里大人都对鸣人冷眼相待（鸣人脸上还自带九尾的6根胡子，他们知道鸣人封印这九尾，却不知道他是四代的儿子），大人的态度也影响了孩子，没人愿意和鸣人交朋友，因此鸣人的童年和佐助一样，孤身一人。鸣人想和佐助交朋友，但是两人的世界相差太远，一个全校第一的尖子生，一个倒数第一的吊车尾。而鸣人给自己定的目标就是成为火影，得到所有人的认可，并经常毫不避讳地把这件事情挂在嘴边。
正片开始
鸣人毕业
时年鸣人12岁，考试毫无悬念地没通过，没法从忍者学校毕业。在水木的蛊惑下，鸣人偷走了二代火影遗留的禁术卷轴，说只要鸣人学会了强力忍术，就一定能毕业。但实际上水木是准备借鸣人之手偷禁术卷轴，然后杀掉鸣人叛逃。他告诉了鸣人他就是九尾的事情。伊鲁卡为鸣人挡刀，鸣人使用了禁术卷轴上的多重影分身之术，打败了水木。伊鲁卡认可了鸣人，并让他毕业了。
漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱被分配到了卡卡西班（第七班），这三娃存在三角恋，鸣人喜欢小樱并讨厌佐助，小樱喜欢佐助并讨厌鸣人，佐助则是谁都讨厌，方便起见，我们称这三人为三小只。在经过抢铃铛测试后，三小只正式成为下忍，跟随卡卡西。
鸣人大桥事件
不久后他们接到了一个C级任务，护送造桥师达兹纳，但实际上这是一个B级以上任务，因为有忍者集团要杀他，而达兹纳没有钱，谎报了。路上他们遇见了第一个强敌，雾隐叛忍鬼人--桃地再不斩，一翻大战后，再不斩被一个戴面具的少年“击杀”。而卡卡西查克拉耗尽，变成了瘫痪状态，卡卡西想通再不斩应该没死，那名少年实际是再不斩的人。然后训练小三只，三小只点亮了脚吸附在垂直物体上的技能点。数礼拜后，卡卡西恢复，再不斩和面具少年再现，面具少年是一名血继限界忍者的孤儿，被再不斩收养，他能使用冰遁。卡卡西牵制再不斩，白（面具少年）对付佐助和鸣人，小樱守护达兹纳。佐助“阵亡”，鸣人爆发九尾之力打败了白，卡卡西要击杀再不斩的那一刻，白跳出挡枪，白阵亡，然而再不斩依然是挨揍状态。再不斩的幕后金主出现，打算把所有人铲除，鸣人嘴遁感化再不斩，再不斩杀了金主，然后死去，金主手下逃窜，本次事件终。达兹纳将大桥命名为鸣人大桥，这桥将会使波之国富裕起来。
中忍考试
木叶九小强，我爱罗，以及boss像的大蛇丸，都在这里登场。
第一场考试前，鸣人他们认识了六次中忍考试都没通过的兜学长，但实际上，兜是大蛇丸的卧底，其实力不逊于卡卡西。大蛇丸追求永生的忍术，他发明了不尸转生，就是把自己的灵魂附着到年轻的肉体上，每过一段时间换一个肉体，来达到永生。这次他盯上了宇智波佐助作为容器。
中忍考试第二场（穿过死亡森林，前往中央的高塔，并集齐天地卷轴），大蛇丸在佐助身上下了咒印之力，并在鸣人的四象封印上加了一个五行封印，封印鸣人的九尾之力。这是大蛇丸对佐助的测试，佐助觉醒了咒印的力量，轻松击败大蛇丸派过来的人。后面三只小和兜学长结伴前往高塔，兜更是发现，鸣人在使用查克拉时，8成查克拉都是浪费掉的，如果他学会怎么控制查克拉，就会变得很强。这期间，佐助还救了香菱（后期回忆里面出现）
由于抵达高塔的人数过多，第三场中忍考试前，要刷掉一半的人，于是他们要以两两对决的方式淘汰一半人。佐助打赢了大蛇丸的一个手下，卡卡西注意到了咒印，于是考试后，带着佐助没去把咒印封印了起来。小李对战我爱罗，开启了8门遁甲，最终全身肌肉断裂和左腿左臂粉碎性骨折。最终胜出的9人是：鸣人 宁次（打伤了鸣人未来老婆雏田，让鸣人怒不可遏，扬言一定要打败他）佐助 我爱罗 志乃 勘九郎 （我爱罗的哥哥） 托斯 （也是大蛇丸的人） 鹿丸（用智商决出胜负）手鞠（我爱罗的姐姐，沙忍三人全部通过）
第二场到第三场考试中间有一个月准备时间，卡卡西带着佐助特训（教会了他小李的体术和自己的千鸟），并把鸣人托付给寿比斯特训。寿比斯和鸣人发现了偷窥女澡堂的自来也，寿比斯要教训自来也，被自来也通灵出一只蛤蟆打晕。之后鸣人铆上了自来也，让自来也特训自己。自来也发现了鸣人的身份，解开了五行封印（为了让鸣人有机会使用九尾的力量）。自来也在这一个月里，教会了鸣人通灵术。这期间还发生了一件事情，托斯为了早点对上佐助，就决定暗杀我爱罗（第三场考试对战顺序），结果我爱罗在屋顶上坐了三天三夜都没合眼，托斯等不及我爱罗睡着，决定直接动手，接着我爱罗变成了庞然大物，影子遮住了托斯，托斯--猝。
第三场中忍考试，第一场鸣人对战宁次，虽然是中忍考试，但实际上宁次的实力已经摸到上忍的门槛，宁次封住了鸣人身上所有查克拉经络，结果鸣人唤醒九尾之力，在地上打了一个洞，偷袭宁次获胜。第二场，佐助对我爱罗，由于佐助迟到，比赛延后。第三场勘九郎对志乃，勘九郎不明原因弃权，第四场，手鞠对鹿丸，鹿丸智力碾压，并且借用了鸣人打的那个洞，制住了手鞠，然后鹿丸投降了。卡卡西带着佐助赶到，卡卡西真像天魔琴里面的迟到大师。。。佐助使用千鸟，贯穿了我爱罗的绝对防御。此时突然发动战争，砂忍和音忍突然进攻木叶，风影（实际上是大蛇丸假扮的）劫持火影跳到屋顶。勘九郎和手鞠带着受伤的我爱罗逃走，佐助追击我爱罗，卡卡西通灵出一只会说话的狗，帕特，让它带着鹿丸、鸣人、小樱去追佐助。结果他们几个被8名音忍追踪，鹿丸断后，伪造足记把音忍带偏，并用影子模仿术制住了几人，但是还有一个音忍躲在暗处不肯不出来，鹿丸查克拉不够，也那他没办法。大蛇丸秽土转生，拉出了初代和二代火影（PS漫画里面并没有写着四的棺材出现，动画组画蛇添足），音之五忍众使用四紫炎阵隔绝了屋顶和外界，让大蛇丸和三代单独相处。此战结果，初代、二代、三代以及大蛇丸手臂的灵魂被尸鬼封尽叫出的死神吞进肚子。三代阵亡，大蛇丸再也不能使用双手。森林追逐战，志乃抢先赶上，对付勘九郎，志乃获胜，但是中毒，他老爸过来解毒（好家伙，一家子高领加墨镜），鹿丸查克拉耗尽，其导师阿斯玛救场（好家伙，一拳一个小朋友，音忍们瞬间命陨当场）。佐助则不乐观，我爱罗变成了凭依体，佐助接着用了两次雷切之后也没对我爱罗造成有效伤害，查克拉耗尽，咒印也跑出来了。鸣人小樱救场。我爱罗变成了尾兽完全体，鸣人通灵出了蛤蟆文泰，狂风暴雨般的战斗后，我爱罗被打倒，并被鸣人嘴遁感化（梅开二度）
第五代火影
大战之后，砂忍才发现自己被耍了，原来风影早被大蛇丸杀了，之前的命令都是大蛇丸假扮风影下达的。
三代火影葬礼不久，木叶出现了两不速之客，宇智波鼬和干柿鬼鲛，他们奉命来捕获九尾，和红 阿斯玛 卡卡西 凯他们友好地PK之后，鼬遁走了。佐助知道鼬现身了，眼睛都瞪大了，四处寻找鼬。鼬用幻术控制了一个美女引开了自来也，单独找到了鸣人。佐助经过一番寻找，终于见到了鼬，千鸟上手（手上的皮都裂开了），但是碰都没有碰到鼬一下就被鼬单方面一顿打。自来也解开了美女中的幻术，赶到。鼬带着鬼鲛逃走，鬼鲛：以你的实力，为什么要跑？鼬：我必须让我的眼睛休息一下。
佐助住院，自来也带着鸣人去找纲手，让纲手接任第五代火影的位置。途中顺便教了鸣人螺旋丸。大蛇丸带着兜先他们一步找到了纲手，以复活纲手的弟弟和男友的条件，让纲手治疗大蛇丸的手。经过一番心理挣扎，纲手和自来也，对战大蛇丸，三忍内战，大蛇丸败北，遁走。鸣人学会了螺旋丸，一发轰飞了兜。纲手继承五代目。
佐助叛逃*1
大蛇丸治手无望，只能换一副身体，他让音之五人众（表面四个人，鬼童丸、多由也、左近右近、次郎坊）去木叶接佐助。佐助大病初愈，满脑子都是鼬的嘲讽，自己这么努力，实力却被鸣人这个吊车尾追上。他不服气，向鸣人决斗。决斗被卡卡西打断，但是看到了螺旋丸的破坏力，佐助愈发不淡定了。
在音之五忍众邀请下，佐助被封印木桶棺材里面（在里面学控制咒印）带走。木叶此时百废待兴，没有什么忍者可以派遣，纲手让鸣人自行挑选几个他认为强的忍者去追佐助。鸣人挑了鹿丸、丁次、志乃（刚好出门，错过）、宁次、牙。五对五，最后变成一对一的追逐和断后战。宁次重伤击败鬼童丸；丁次服用禁药重伤击败次郎坊；左近右近其实是两个人，能融合成一个人，牙对战左近右近，用了大招之后还是没赢，逃走，勘九郎救场（木叶和砂之国结盟了，所以受到委托，勘九郎他们就来了），杀了左近右近；鹿丸对战多由也，虽然智商压制，成功控制住了多由也，但奈何对面查克拉太强，慢慢被挣脱，手鞠救场，杀了多由也；君麻吕救场，让佐助自行离开，对战鸣人，鸣人爆发了九尾之力，但是分身尽数被破，小李（在纲手的妙手回春下康复）救场对战君麻吕，鸣人去追佐助；小李不敌君麻吕，我爱罗救场，在君麻吕要了结我爱罗的最后一下，君麻吕病死。
鸣人在终结之谷追上了佐助，两人一翻厮打之后（高潮戏，建议自己去看），鸣人战败，佐助向森林黑暗处深处走去。卡卡西得知纲手派几个少年去执行这么危险的任务后相当无语，放下手头任务去追鸣人他们。此时下了雨，帕克闻不到佐助的气温，卡卡西只带回了重伤的鸣人。大蛇丸等不及，此时已经换了别人的肉体，下一次不尸转身要三年后。自来也等鸣人伤好后带鸣人外出修行。火影前半段剧情终
疾风传
我爱罗之死
三年后，鸣人回到木叶，和小伙伴以及卡卡西他们相继见面，才发现这三年时间，同届小伙伴都已经变成了中忍，下忍只剩鸣人一个，勘九郎和宁次已经成上忍了，小樱成了纲手的弟子（卡卡西三个弟子分别跟了三忍）。鸣人问那我爱罗呢，镜头转到砂之国，一名忍者通知风影开会，我爱罗答道：哦 知道了。
此时，晓组织的另外两名成员出现在砂之国防御护壁外围，蝎和迪达拉，两人所过之处，一片狼藉。他们此行是来捕捉一尾的，最终迪达拉以一只手臂的代价并拐走了我爱罗，勘九郎追击，被蝎打伤中毒（赖的一批，这两所有武器都有毒）。
得知风影被掳走，砂忍向木叶求援，卡卡西班抵达砂之国。凯班随后也赶去增援。卡卡西、鸣人小樱千代婆婆为一队，凯 宁次 天天 小李 帕克为一对。分别遇见了鼬和鬼鲛的分身阻挡拖延时间。大家击破分身找到蝎和迪达拉的时候，我爱罗体内的尾兽已经被抽走，我爱罗已死。迪达拉带着我爱罗的尸体引走鸣人，卡卡西追上。小樱和千代留下对付蝎。
大战结果，蝎阵亡，死前告诉了小樱一个秘密，他安插了一名卧底在大蛇丸身边，他们约定10天后在草忍村的天地桥见面。迪达拉被卡卡西用万花筒废了另一只手，迪达拉用分身自爆逃走。千代用禁术，己生转生。把自己的生命给了我爱罗。卡卡西再次进入瘫痪状态，被凯背回木叶。然后一名自称阿飞的人在白绝的带领下加入了晓组织（也有翻译成鸢），啊，不瞒了，这人就是带着面具的带土。
佐助再现
由于卡卡西短时间内下不了床，第七班暂时由大和（大蛇丸还在木业的时候搞的实验体，体内移植过初代细胞，因此能使用木遁，同为实验体的其他49个小孩在移植后均死亡）代理，同时还加入了一名新成员，佐井（团藏安插过来的卧底，被团藏命令找到佐助后，杀掉他）。新卡卡西班，经过一阵子磨合之后，就去天地桥见那名卧底。大和假扮成蝎，鸣人小樱佐井藏匿在草丛中观察。
不料那名卧底正式药师兜，套了一些话后，大蛇丸出现。兜急忙跳到假蝎这边，好像要并肩作战，结果反手一手刀劈开了蝎的脑袋。原来兜虽然确实是蝎的人，但是他还是站大蛇丸那边的。装不下去了，大和叫出了鸣人三人。大蛇丸以佐助的事情刺激鸣人，鸣人爆出尾兽查克拉外衣。酣战之后，大蛇丸查克拉使用过多，身体不听使唤（毕竟身体不是自己的，原本身体的主人意志在反抗），佐井奉团藏命令，“投靠”大蛇丸。大和早就觉得佐井有问题，昨晚在佐井的食物里面下了种子，能感觉到佐井的位置。以此找到了大蛇丸的基地。
几人潜入到大蛇丸地下基地，佐井率先找到了佐助，天花板爆开，鸣人小樱大和赶到。此时佐井被鸣人嘴遁感化（梅开三度），不再想杀佐助，只想把他带回木叶。佐助实力已经今非昔比，一对四游刃有余。再佐助想用一招（疑似麒麟）解决他们的时候，大蛇丸制止了佐助。毕竟敌人的敌人算是朋友。佐助、兜、大蛇丸离去。
僵尸二人组
晓组织捕获尾兽的任务仍在继续，这次登场是飞段和角都，他们捕获了二尾之后，又前往火之国，在一间和尚寺庙捉了地陆，因为他在黑市悬赏金比较高，拿去换钱。地陆曾是守护忍十二士之一，这引起了艾斯玛的警觉，他也是守护忍十二士之一。阿斯玛，鹿丸，小铁，出云追踪找到了飞段和角都，角都在黑市地下室交易并数钱，地下室入口在厕所，飞段不愿进，在外头等。飞段被影子模仿术捉住，小铁、出云捅了飞段一个透心凉。飞段是不死之身。角度回来，一翻大战，阿斯玛阵亡。迪达拉阿飞捕获了三尾，佩恩通知飞段角都回来封印。飞段角都离开。
同一时期，鸣人在卡卡西和大和的陪伴下，修炼风属性的螺旋丸。
鹿丸，井野，丁次再向火影请示后，便去向飞段角都复仇（他们看起来一点都不冲动），由于不太放心，这次卡卡西担任了小队队长。他们又顺利找到了飞段角都，一翻斗智斗勇之后，角都（有无五条命的人）被卡卡西戳了一条命，被飞段误咒杀了一条命，鸣人点亮新技能来救场，一发螺旋丸手里剑轰掉了角都2.5条命，卡卡西收场。而飞段被炸到只剩一个头，埋了起来（也确实没死）。
佐助叛逃*2
佐助并不傻，他知道大蛇丸是馋他的身子（这么说好像也没毛病），决定先下手为强，趁着大蛇丸虚弱的时候干掉了他，大蛇丸对佐助用了不尸转生，但是这股意识被佐助压制在了体内。之后佐助去了大蛇丸的咒印实验室，整出来重吾（咒印来源，和君麻吕是好友）、水月（身体能变成液态的改造人）、香菱（咬她一口，就能满血满魔原地复活，好羞涩）形成新的小队，去找鼬决战。
与此同时，鼬和鬼鲛捕获了四尾。（捕获其他三只尾兽的画面，漫画里面好像没画出来）
鸣人小队出门寻找佐助，失去大蛇丸，兜感觉自己失去了人生意义，就把大蛇丸肉体移植到自己体内，并把大蛇丸的情报汇总，交给了鸣人他们。
大战前夕
阿飞和迪达拉遇到了佐助，知道佐助是鼬的弟弟，迪达拉想杀了他（这家伙太不明智了，敌人的敌人就应该是朋友才对）。一翻激战，迪达拉阵亡，佐助失去万蛇和咒印化后的半边翅膀，然后继续寻找鼬。
阿飞来到了佩恩和小南面前，自称宇智波斑，原来当年正是阿飞让他们创建晓组织的。
鸣人小队还在疑似掉线的瞎JB逛中，鼬单独找了鸣人，问了几个价值观的问题之后，在鸣人体内放进了一只乌鸦。也就是止水的别天神。
自来也之死
自来也向纲手告别，他要去调查晓。结果被佩恩所杀，虽然是剧情杀，但是战斗所占篇幅很长。
鼬佐之战
佐助和鼬约战在某宇智波遗迹，鬼鲛拦住佐助的随从，阿飞拦住了鸣人一伙。鼬告诉了佐助万花筒的事情，说当年留佐助一命就是为了他的眼睛，只有移植别人的万花筒才能开启永恒万花筒。此战，在鼬放了一片大西洋之后，大蛇丸被鼬封印，鼬死在佐助眼前。
阿飞带走了昏倒的佐助，在佐助醒后，阿飞告诉了佐助一个惊人事实，当年鼬杀掉全族，其实是木叶高层的命令，他是为了保护你才欺骗你至今的。顺便还讲了讲我宇智波斑的往事。
经过一翻深思熟虑，佐助明白了正真的敌人是谁，他开启了万花筒，并把自己的小队改名称鹰。和晓合作，来换取摧毁木叶。
全面尾兽捕捉
加入晓，鹰小队收到的第一个任务，就是捕获八尾。他们找到了八尾人柱力，奇比拉。也是一翻大战之后，他们捕获了八尾，但实际是八尾的章鱼腿分身。
深作来传递自来也死讯，之后带鸣人去妙木山修习仙术。
而佩恩六道，赶来木叶追捕九尾。此战，卡卡西力竭而亡，并在黄泉道上遇见了已故的父亲。在佩恩神一般的大招神罗天征之下，整个木叶，变成一个大坑。
鸣人学会仙术，通过逆通灵回来木叶，看到火影岩，才认出这是木叶。天道刚放完一个大，还在冷却，鸣人到访，只能让其他五道先上，之后五道被灭。天道恢复之后把鸣人钉在地面上，雏田救场并表白。被天道秒了，鸣人暴走，开启九尾化模式。天道被按着一边打，之后天道用出了第二个大招，当年封印辉夜用的地爆天星，当然规模相比月亮要小不少。封印了鸣人。鸣人释放了所有封印，眼看九尾就要破门而出，此时幻境中，水门出现（这是四代留下只能使用一次的备用封印），一阵寒暄之后，四代再次封印了九尾。鸣人以仙人形态再次对上天道，这次鸣人击败了天道，并找到佩恩的本体，长门。鸣人用嘴遁感化了长门（梅开四度），长门使用了轮回天生，以自己的生命为代价，复活了刚被他杀掉的木叶所有人，包含卡卡西和蛤蟆。这招本来是月之眼计划复活斑用的。
鸣人第一次感受所有人的认可。
五影会议
此时鹰小队正向木叶赶来，反骨崽二柱子又想叛变了，他脱离了晓，决定向木叶复仇。阿飞挡住他们，告诉他们八尾是假的。你们的任务并没有完成，不能脱离晓。然后阿飞给他们指派了别的任务，杀掉现任火影团藏。此人正是当年命令鼬的人。
五大国各派出五影和两名随从，前往中立国铁之国召开五影会议，商议尾兽和晓的事情。
团藏（佩恩之战命令所有暗部按兵不动，保留实力，因此成了火影）这辈子做过的坏事很多，一出村口就被人仇人伏击，不过这些仇人转瞬就全被杀了。
阿飞告诉了鸣人关于斑的事情，和佐助的事情。鸣人想劝佐助回头，于是鸣人小队也出发前往了铁之国。
二柱子大闹五影会议，团藏逃走，雷影手臂被天照烧到，只能壮士断腕。激战之后二柱子又昏了，被阿飞带去了神威空间。阿飞自称宇智波斑，并向五影讨要8尾9尾，并说出了月之眼计划，整个忍界正真和平的机会。雷影这才知道原来奇比拉是趁着这个机会跑出去玩了。不过他们一致拒绝了。阿飞向五影宣布，第四次忍界大战开始。
大战前夕的事件
1.团藏之死：阿飞离开后，找到了团藏，解决了团藏两个手下，然后把治疗好的佐助放出来对付团藏。此次大战也是大篇幅，团藏的右臂移植了柱间细胞，非宇智波一族只能以惊人的查克拉量才能驱动那么多写轮眼。上面嵌着很多写轮眼，使用伊邪纳岐，一颗眼能复活一次。团藏的右眼则是宇智波止水的眼睛，出村的时候刚用过，现在还在冷却。团藏败北后挟持了香菱做人质，结果佐助把香菱和团藏一起捅了个穿，此时佐助已经彻底黑化。
阿飞劝佐助休息一下，今天他的万花筒已经使用太多次。阿飞离开后，小樱赶到，佯装跟随佐助，差点被佐助杀掉，卡卡西救场。卡卡西让小樱先带走香菱，他要再此了结佐助。佐助暴怒，“你一个外人少显摆写轮眼！”，佐助又使出了须佐之男，然后佐助眼睛失明了，须佐之男也消失了。
阿飞又回来了（他在佐助身上下了白绝的孢子，所以他知道佐助有危险），和卡卡西寒暄几句之后，带佐助离开了。空间忍术就是bug，说来就来说走就走，拿他没辙。之后阿飞给佐助移植了鼬的眼睛。
2：鬼鲛之死：这个时间线还有一件事情在同步发生，就是鬼鲛找到了奇拉比，两人大战。奇拉比打不过鬼鲛。奇比拉要被捕获之际，雷影救场，鬼鲛用的水遁太大，雷影他们在老远的地方用肉眼就看见了。雷影和奇拉比击杀鬼鲛。但其实鬼鲛并没有死，他藏在了鲛肌之中，等待机会反扑。
3.兜的合作：兜找到了阿飞，寻求合作。他用秽土转生拉出了大批强者，以及正真的宇智波斑（当时没画出是谁，阿飞表现的很吃惊，你是哪里找到的？！）兜的条件是，战争结束后，把佐助给自己。
4.藏匿8尾9尾，鸣人和八尾被带到一座龟岛隐藏，奇拉比开始教鸣人怎么控制尾兽之力。鸣人学会后，能感受恶意，于是发现了藏鲛肌里面的鬼鲛，鬼鲛逃走，被阿凯打败，鬼鲛在传递情报后通灵出鲨鱼把自己撕碎而死。
5.小南之死：晓组织干部一个接一个死去，他也知道阿飞不是什么好人，单挑阿飞，被杀。（之后阿飞换了一个面具），并换上了一只长门的轮回眼。
6.兜前往鬼岛，捕获8尾9尾失败。
第四次忍界大战
五大国联军正式集结，共8万人，分5队，五名统领分别是达鲁伊（雷影手下，精通岚遁）、黄土（土影之子），卡卡西、我爱罗、三船（算是铁之国国王吧，曾是山椒鱼半藏的手下败将）。
晓这边的势力是10万白绝小兵，以及兜所提供的秽土转生的大将，人数很多，已故的晓成员，忍刀七人众，已故的各种影，火影前期死的各路高手，还有一些没出过场的血继限界忍者等等等等。秽土转生的人，无限蓝无限魔，极难对付，只能先造成致命伤，然后暂时封印。如果单单只有白绝这种没多少战斗力的小兵，只靠25%的人数差距，真的没有打的资本。
各种战斗，不细说，第一天白绝大军惨败撤退告终，但是白绝吸收了部分人的查克拉，能变化成其他人的样子，于是第二天战斗就纠结了，除了鹿丸所在的那一队（让所有人画地为圈，不许动，动就证明是白绝），其他队都相互厮杀。鸣人和奇比拉驰援，遇见了秽土的鼬和长门，看到了血轮眼，鸣人体内的别天神自动启动，让鼬摆脱的兜的控制，这本来是鼬安排给佐助用的。之后鼬封印了长门，前去找兜。鸣人赶到战场，能感受恶意之后，白绝无所遁形。再然后兜的压箱宝，秽土宇智波斑出场，一人单挑一支大军。
五影出场决战斑，让鸣人和奇比拉是找带土，此时带土带着6名人柱力做成的新佩恩。
佐助得到了永恒万花筒，第一件事情就是烧死了白绝的本体，没错，这个反骨仔又叛变革命了。佐助前往木叶，途中偶遇鼬，两人敞开心扉聊过之后，两人决定先去对付药师兜。此时药师兜已经算，人不像人鬼不像鬼了，身上有各种细胞，学了仙术，肚子上长着一条蛇，身体还能液化。鼬使用伊邪那美，把兜困在了幻术的轮回，并让兜解除了秽土转身。
斑使用了完全体须佐能乎，准备结果掉五影的时候，由于术的解除，斑要消失，然后斑也是个挂逼，他一早就知道怎么逆向解除解除，毕竟这术是和他同时期的扉间所创的。五影体力耗尽，已经没有精力继续缠斗，秽土的断（纲手已故男友），在灵魂出窍之际，来到了纲手面前给纲手补满了查克拉。
重吾和水月找到了佐助，他们从红豆体内复活了大蛇丸，他们前往木叶“寻找答案”。鸣人那边，卡卡西和凯支援，鸣人靠武力和嘴遁，策反了其他人柱力体内的尾兽。局势最阿飞开始不利，阿飞通灵外道魔像，回收了七只尾兽。之后的激战，阿飞的能力被识破，面具被打破，面具之下就是卡卡西已故的旧友，宇智波带土。感觉到不对劲，斑也不想玩了，动起了真格，五影瞬间被秒，最惨的纲手，被打成了两节（倚靠百豪之术，并没有死）。斑前往了带土那里。巨大化的八尾九尾对战外道魔像，以及上面的带土和斑。本来复活十尾需要9只尾兽，不过他们之前拿到过8尾的章鱼腿，金角银角（此时以及被封印再六道忍具里）曾经吃过九尾的内脏，所以他们也间歇性地拥有九尾的肉。斑和带土复活了十尾，之后忍者联军赶到，纵志成城，对付十尾。
回到佐助那边，大蛇丸使用旋涡一族的秘术，破解了尸鬼封尽，秽土转生召唤出了四任火影，并从死神肚子里取回了自己的双手。佐助在和初代火影对话后，经过沉思，又决定和他们一起去结束战争。
感觉到柱间靠进，斑爷笑成了一个表情包。此时卡卡西和带土在神威空间相爱相杀。佐助鸣人小樱，恍如新的三忍一样，通灵出通灵兽对战十尾。其实实力上，现在鸣人和佐助已经远远超过自来也和大蛇丸了。
十尾被初代制住，带土逃出神威空间，斑在带土身上藏了黑绝，操控黑绝操控带土，使用轮回天生复活斑。但是用了这个术带土也会死，带土也反骨了，他要创造一个有琳的世界，凭借强大的意志改结了封印术的印，吸收了十尾，变成了十尾人柱力，变成了六道仙人形态。
鸣人佐助以及各个火影的轮攻下，带土还是吃不消，提前开始无限月读，拉出神树，吸收各忍者查克拉。五影休整完毕，也向这边赶来。众人的努力拉扯出了带土体内的7只尾兽。拉扯查克拉的时候，鸣人进入了带土内心，一顿嘴炮，带土想起了年少时的火影梦，又被带偏了，不知道梅开几度了。带土醒悟，想用轮回天生复活那些被杀的忍者，在带土虚弱之际，黑绝再次控制带土，使用了轮回天生复活了斑，
复活后斑的眼睛是瞎的，因为一只在带土那里，一只在长门那里。斑爷牛逼轰轰，瞎眼状态下，短时间内，众人还是没法制服他，之后绝带回那只再长门那里的轮回眼，斑又笑成了表情包。佐助偷袭斑，被捅，猝，斑通灵外道魔像，收走9只尾兽，鸣人尾兽被抽走，猝。主角死光，全剧终。呵呵，当然没有，不过他们确实死了。斑也变成了六道仙人形态。
带土和卡卡西决战斑，话说使用了轮回天生，带土怎没死，难道是因为只复活一人，代价比较小？带土从斑身上取回了一点点尾兽之力，前往神威空间救治鸣人。
兜摆脱了伊邪那美前往了战场，救活了佐助。
接下来，凯封皇时刻，凯单挑六道斑，以凡人之躯比肩神明，八门遁甲死门一开，天地变色，鬼哭神嚎。六道斑像羽毛球一样被打来打去。
幻境中，鸣人见到了六道仙人--羽衣，也是一阵寒暄和一些过往故事讲述。之后羽衣给了鸣人阿修罗之力。鸣人复活。凯皇使用死门后濒死，鸣人救活了他，然后斩断了神树。佐助获得了因陀罗之力，左眼变成了九勾玉轮回眼，也复活走来。
独眼斑打不过这两挂逼联手，一个瞬移夺走了卡卡西的写轮眼，给自己安上，进入了神威空间，在里面找到了带土，夺走了另一只轮回眼。这个间隙，鸣人到了卡卡西那里，帮卡卡西把眼睛复原了（当然复原的那只是普通眼睛）。换上双轮回眼后，斑和带土又回来了。 双轮回眼斑实力又上了一个档次，额头这地方又开了一只眼，九勾玉轮回眼，对着月亮使用了无限月读。月亮变成了巨大九勾玉轮回眼，对着全世界使用幻术。各个国家所有人都被藤蔓束缚，进入了幻术世界。鸣人小樱卡卡西在佐助的须佐之男体内逃过一劫。
斑自认终于拯救了这个世界，并向鸣人说教。结果黑绝反手一掏刺穿了斑的心脏，斑一直以为黑绝是自己的意识，结果黑绝是辉夜的意识。斑就这样草率地下线了（火影当年被迫要在700话内完结，后期节奏有点赶，但是你再草率也不能这样对不对，要阉割你可以把辉夜剧情切了嘛.....）。辉夜复活，接下来是第七班和带土对战辉夜。实在不想承认辉夜是boss，如果斑作为大boss完结多好.....几句话带过好了，带土挡刀牺牲，赐予了卡卡西双神威体验卡。第七班联手封印辉夜。
大战结束。
佐助的抽风
是的，他又又双叒叕叛变革命了，想对各影处以极刑。他弄晕了小樱，和鸣人到了终结之谷单挑。两人各断一臂冰释前嫌。
鸣人的手臂用柱间细胞缝合上去了。佐助成了独臂人，卡卡西成了六代目火影。再之后，佐助小樱结婚，剩下一女，佐助成了木叶外派调查人员，也算在继续为木叶服务。卡卡西退休，鸣人成了七代目火影，和雏田结婚生子。其子漩涡博人继承了鸣人爱捣蛋的个性。开启了博人传。
博人传我没看。
