《叛逆者》有电视剧版和原著小说两种结局。
电视剧版结局中，林楠笙与朱怡贞历经生死后，林楠笙隐居养伤，解放后在组织帮助下两人重逢，最终相守在一起，共同陪伴孩子唱歌，结局温馨感人。反派王世安被击毙，罪有应得。
原著小说结局则充满遗憾。林楠笙与朱怡贞因家庭阻拦、工作需要被迫分离，林楠笙与蓝小姐结婚，朱怡贞与孟安南假扮夫妻。蓝小姐牺牲后，两人虽重逢却未在一起。林楠笙晚年疾病缠身隐居，朱怡贞最终找到他，陪他走完最后一程，有缘无分，遗憾错过。此外，其他角色的结局也很悲惨，顾慎言自尽，左秋明牺牲，蓝心洁被日军枪杀，孟安南身份暴露后结局不详。
核心差异在于，电视剧为满足观众情感需求，将林楠笙与朱怡贞的结局改编为团圆结局；而原著则强调革命年代的无奈，以悲剧收场，凸显人物为信仰牺牲爱情的现实。
