四年前，一颗数码蛋偶然掉入光丘，八神光在极短时间内迅速孵化为滚球兽，进而进化为暴龙兽，成功击败前来回收的鹦鹉兽，这一惊人速度震惊了数码世界。为了调查光丘事件，数码世界期望者派遣鹦鹉兽回收暴龙兽，期间扫描了当事人八神光、其兄八神太一以及目睹战斗的众人数据。分析发现人类孩子拥有勇气、友情、爱情等各种精神特质，隐含着潜在可能性。光丘事件中，八神光的独特之处在于她的“生命”，与数码世界“进化”、“真实”、“美”同义，因此被称作“光”。由于时差，现实四年相当于数码世界几万年。期间，数码兽特质不断进化。随后，能与现实世界孩子产生特殊联系的数码兽——搭档数码兽诞生。它们能感受孩子精神特质快速进化，并驱逐数码世界过剩的黑暗力量。神圣计划创造的传达装置“デヴァイス”能将孩子的心动传递给数码兽，增幅装置“吊坠”增强孩子们的精神特质。这些元素帮助数码世界多次脱离危机，启示录兽也不例外。不过，孩子和搭档数码兽数量不足，无法完全封印启示录兽。为此，被选召的孩子们的搭档数码兽进化为四圣兽，自愿保护数码世界。当时的数码兽则创造预言书《数码兽启示录》警示后世。黑暗四天王得知《数码兽启示录》内容，按照启示录恶魔剧本（计划），命令分子兽创造“スパイラル?マウンテン”的程序，同时对四圣兽进行攻击。启示录兽趁机将思念带入数码世界，使黑暗四天王不知不觉地产生了对“进化”的否定想法。他们建设“螺旋山”，破坏了开始之街（创始村）机能，夺走了数码世界的“进化”。现实世界中，拥有光丘经历的其他被选召的孩子家族也搬到了台场附近。知晓黑暗四天王计划的期望者，吩咐代理者将可能成为搭档数码兽的数码蛋运往开始之街（创始村），并给予保护。小丑兽察觉此事，抢先袭击代理者并将其消灭。唯一生还的玄内抢夺敌人的机械装甲兽，带着デヴァイス和数码蛋逃走。这些数码蛋对应着台场的被选召孩子。逃亡过程中，玄内逃至サーバ大陆（沙拔大陆）的テンプ湖（神赋湖）上空，数码蛋掉落并孵化、进化，逐渐遗忘使命，最终被吸血魔兽带走作为部下。为逃脱追杀，玄内将数码蛋藏在冰河覆盖的边境之地——ファイル岛（法易路岛），再度离开。在サーバ大陆（沙拔大陆）的テンプ湖（天赋湖）湖底，玄内制造结界并老化自己，停止代谢机能以对抗黑暗球的增大。覆盖ファイル岛（法易路岛）的冰河融化，岛屿变为充满生机的绿洲。孵化的搭档数码兽等待着搭档的到来。黑暗四天王对数码世界散布黑暗力量，派遣恶魔兽至ファイル岛（法易路岛），当黑暗力量导致数码世界平衡崩毁时，神圣计划向现实世界飞去，迎接被选召的孩子们。
