上海交通大学医学院有黄浦、闵行和浦东三个校区，闵行校区占地5000亩，浦东校区占地约435亩，黄浦校区暂无明确面积数据公布。
上海交通大学医学院黄浦校区位于上海重庆南路227号，校区内有科教楼、懿德楼、淡水楼、校史馆、老红楼、西二楼、图书馆等建筑设施。闵行校区位于上海闵行区东川路800号，有玉兰苑、足球场、篮球场等建筑设施。浦东校区工程项目位于浦东新区国际医学园区西南角，该校区自2020年开工，历经4年修建，于2025年9月正式投入使用，校区有五栋学生宿舍大楼，还有自习室、公共活动空间、党团活动室、琴房、舞蹈厅以及后勤生活一条街等。
