广东省海洋与渔业局内设九个关键机构，具体分工如下：
办公室：
负责常规行政工作，包括文电处理、会议组织和保密事务。
负责海洋战略研究，草拟地方法规和政策。
处理行政监督、行政复议和应诉工作。
计划财务处：
负责财务、国有资产和政府采购管理。
编制部门预算并监督执行。
负责海洋与渔业发展规划，指导渔港建设和基础设施项目管理，以及统计和产业信息工作。
海洋综合开发协调处：
负责协调海洋事务，参与基础地理信息和综合调查。
制定海洋功能区划等规划。
负责海岸带开发利用和保护，以及协调重大用海项目和海洋经济运行监测。
海域与海岛管理处：
主要负责海域使用和技术规范。
管理海域界线和海岸线，监督海域使用和人工构筑物。
负责海岛开发与保护工作。
资源环境管理处：
制定并执行环境保护规划，监测海洋环境，防治海洋污染。
组织水生资源养护和灾害防治。
管理海洋观测和预报工作。
渔业与远洋捕捞处：
负责渔业政策的实施。
管理水产养殖和捕捞。
发布渔业信息，指导渔业结构调整和安全生产。
水产品质量安全监管处：
负责初级水产品质量安全监管。
负责水产品检验监测。
制定和执行渔业标准。
科技与交流合作处：
负责科技发展规划，引进科技项目。
推进节能减排和新能源研发。
负责对外交流与合作。
人事处：
负责机关的人事管理。
负责党群工作。
负责离退休人员服务。
