主要剧情描述：
1. 芸雁为赔罪送阿翔上学，阿福倒车撞坏校门引风纪委员注意，阿翔与委员冲突，芸雁拔路标助阵。
2. 打倒委员后，两人入校，被编同一班（二年D组），校长隐含杀气，阿翔预感其不一般。
3. 找到教室开始校园生活，阿翔无课本坐芸雁旁，上课时阿翔打瞌睡被代理班导辛格用黑板擦殴打。
4. 阿翔头痛，与芸雁去保健室，保健老师认为是神经衰弱，给磁气健康项链，阿翔被激怒，芸雁打掉校长石像，引来二次围剿。
5. 中午用餐，阿翔发现学校规矩，与芸雁共享便当，芸雁透露是武神流继承者，被风纪委员发现，展开战斗。
6. 找到学生会长管萍香的命令状，阿翔决定调查学生会，但办公室大门深锁，返回教室。
7. 下午第二堂课，爆炸声响起，阿翔担心芸雁出去查看，两人进入可移动模式，学生会办公室被炸开，萍香会长昏倒，与反学生会组织「绿原圣战组织」交战。
8. 阿翔等人将萍香送至保健室，她表示不知拘捕令之事，阿翔想多问，但沈丽建议休息，两人被轰出保健室。
9. 回到教室，社团活动开始，阿翔发现各社团进行危险研究，化学研究社实验催眠气体，两人昏倒，被社员安置在休息室。
10. 晚上，阿翔坚持要看超自然研究社，发现艾琳正在召唤恶魔德拉丘拉，两人加入战斗，打倒德拉丘拉，艾琳让他吸血解决事件。
11. 阿翔带芸雁到自己公寓过夜，阿翔父亲来访，两人发生战斗，老爸解释让阿翔入校的原因，是寻找失踪女儿。
一听见上课钟声，阿翔头痛加剧，急忙戴上口袋里的磁气项链。此举让他对钟声警觉，决定探索播音室。播音室由广播社管理，需从社长准IDOL蕙处获取钥匙。由于蕙常因录音请假，幸而今天上课。完成她要求的条件，击退疯狂纠缠的歌迷，答应当她的BODYGUARD即可拿到钥匙。阿翔与芸雁顺利潜入播音室，发现高科技设备，由剪刀手校工看守。经过苦战，成功救出电机研究社社长敏敏等一行人。通过敏敏的解说，阿翔得知校内放送洗脑电波的事实与严重性。突然，教务主任率领大批人马追杀，包括国文老师辛格。敌军力强大，敏敏受伤，辛格阵前倒戈，带领阿翔等人突围。众人从紧急逃生口逃脱。教务主任愤怒启动电波，并通缉阿翔与芸雁。
为了治疗敏敏的伤，众人前往保健室。途中，剑道社长修一率队员攻入，试图带走保健老师沈丽。阿翔冲上前阻止，与众人与修一发生战斗。战斗胜利后，敏敏检查修一，发现他受洗脑电波操控。阿翔将沈丽的磁气项链改戴在修一身上，唤醒他。修一回复意识，决定帮助众人赎罪，透露沈丽被带至学生会馆禁闭室。阿翔委请修一留守保护敏敏等人，自己前往学生会馆营救沈丽，芸雁建议先去女子寮找艾琳帮忙。
两人来到女子寮，发现混乱，原来是洗脑电波导致寮生失控，艾琳被室友攻击，只好躲藏。艾琳的使魔蝙蝠从窗外求救，阿翔与芸雁救出艾琳，并解释当前的异变。艾琳加入救援队伍。
众人冲进学生会馆，找到禁闭室，大门由声纹识别装置控制。众人返回保健室，敏敏建议阿翔找电玩研究社社长正治帮忙破解系统。敏敏曾协助正治入侵学校主电脑，得知洗脑电波计划的内情，后被关进播音室，正治的位置不明。阿翔想起上锁房间可能是正治的所在。教务主任和风纪委员可能尚在钟塔内，阿翔决定冒险一探。
众人回到钟塔，发现「绿原圣战组织」在炮轰，大量风纪委员在钟塔入口设防。芸雁发现紧急逃生口通往播音室，众人潜入，来到上锁房间，发现坐着身穿道服的大汉。教务主任命令空手道社长看守住正治，防止绿原圣战组织干扰，然后押送正治。经过苦战，成功救出正治。
众人护送正治回到保健室，商议后决定以救出沈丽为首务。阿翔使用正治提供的笔记型PC，成功入侵控制声纹识别装置的电脑，破解程序，让任何声纹均可骗过装置。
经过一系列事件，阿翔等人揭露了绿原高中的洗脑电波计划，对抗教务主任和「绿原圣战组织」，最终成功救出沈丽，对抗洗脑电波。
