何耘韬自辩的核心要点如下：
执行政府决定而非个人行为：何耘韬强调，他的所有行为都是基于政府的决定进行的，而非出于个人私利或动机。
多次拒绝并向上级反映问题：他声称自己曾多次拒绝为金都公司办证，并向上级部门反映了金都公司未缴清土地出让金的问题，表明自己始终在遵循法律程序和规定。
未与金都公司接触或参与相关会议：何耘韬指出，他从未与金都公司的负责人有过直接接触，也未参与过任何与该公司相关的会议，因此指控他徇私舞弊和滥用职权是不成立的。
决策过程复杂且存在争议：他提到，由于会议纪要不明确，地籍股曾拒绝办理相关手续。他还与常务副市长有过争执，最终在廉江市清理办协调下，经纪委确认意见后才得以办理。这表明决策过程并非他一人所能决定，而是涉及多个部门和领导的意见。
未造成损失且指控无依据：何耘韬认为，廉江国土局在法律途径下已经追回了欠款，并未造成任何损失。因此，对他的指控缺乏事实和法律依据。
