1990年南薰礁事件是一起驻守官兵遭遇袭击、造成6人死亡5人失踪的重大悬案，真凶至今未明，主流推测包括越军特种部队突袭、海盗劫掠或内部事件，但均存在疑点。
南薰礁位于南沙群岛郑和群礁西南端，长1400-1850米，退潮时裸露，涨潮时隐没。其东北距台湾地区驻守的太平岛约13海里，东边5海里为越南占据的鸿庥岛，周边岛礁多被越军控制，形成三面受敌的态势，被称为“南沙中的南沙”。
礁盘气候恶劣，12级台风连刮数日、10级风持续半月属常态，25米高巨浪常拍上高脚屋二楼。1988年赤瓜礁海战后，解放军实际控制南薰礁等六个岛礁，南薰礁编制12人，1990年事发时实际在礁11人。
守礁生活艰苦，官兵与世隔绝，活动空间仅半个篮球场大小，淡水和补给依赖舰船运输，植物难以存活。
1990年11月7日清晨，南沙群岛指挥部发现南薰礁频道死寂，半小时后重复呼叫仍无回应。七十海里外的解放军补给舰赶赴现场，调查组登礁后发现营房内外6具战士遗体，弹孔密布墙壁，礁长张效忠等5人下落不明。
调查人员在周边海域珊瑚礁捞起数支五六式步枪（我军制式武器），唯一救生艇失踪。现场痕迹显示战斗波及整个礁堡，但无外来武器残留、越军装备碎片或敌方人员血迹，所有物证指向“内部事件”，但一个班战士集体精神崩溃自相残杀的可能性极低。
幸存者徐会平（因烫伤被转送永暑礁治疗）回忆，离礁前战友精神状态正常，正按计划巡逻和防卫演练，排除了内部突发矛盾的假设。
1988年3月14日，中越海军在赤瓜礁海域爆发冲突，我军击沉越军2艘运输船、重创1艘登陆舰，越方伤亡约400人，我方仅1人轻伤。此战后，中国收复永暑礁、华阳礁、东门礁、南薰礁、渚碧礁、赤瓜礁六个岛礁，结束在南沙无实际控制的局面。
越南对此耿耿于怀，当时被俘越军人员仍在湛江受审，河内当局急需报复挽回颜面。南薰礁距越占鸿庥岛仅5海里，岛上驻军超百人，成为理想袭击目标。海战后两年间，越南在南海动作频频，到1994年已非法划定120多个石油招标区块，至1999年实际控制南沙岛礁达29个。
越军特种部队突袭：越军蛙人部队由渔民组成，擅长两栖突击，常乘快艇接近目标后潜水登陆。鸿庥岛越军距南薰礁仅5海里，具备夜间突袭能力。但疑点在于，若为成功特种作战，越方事后却无人员授勋或媒体报道，与其惯常宣传风格不符。
海盗劫掠说：南海海盗历来猖獗，但海盗通常劫财，而高脚屋无贵重物品且风险极高，袭击军队更会招致毁灭性打击，矛盾点明显。
内部事件说：长期封闭环境可能导致精神崩溃，但11人同时失控概率极低，且现场弹痕分布显示有组织对抗而非混乱枪击。
南薰礁事件后，南海舰队内部成立高层调查组，但详情未完全解密。三十五年过去，幕后真凶仍无定论，唯一一块无名纪念碑面朝大海，碑文在浪涛声中低语：“这片海域长眠着为国捐躯的烈士。”
