《魔女1》和《魔女2》剧情如下：
《魔女1》构建了一个以庞大财团为背景的故事框架。白博士和她的妹妹在部分高层的授意下，开展了长达约40年的研究，实验体至少历经三代。第一代实验品能力普遍不强，多数可能未觉醒超能力，像“崔先生”就是实验失败的典型例子。而魔女“母亲”堪称第一代中最成功的实验品，具子允（一代魔女）作为改造体，展现出顶级超能力与顶级智慧。她凭借自身能力，最终成功实现复仇，并解救了收养她的家人。这一剧情围绕具子允的成长、觉醒以及复仇展开，展现了超能力与人性、亲情之间的复杂纠葛。
《魔女2》的剧情承接第一部。二代魔女（由新人演员申诗雅饰演的妹妹）登场，从表面上看，她的能力超越姐姐，不过心思较为单纯。故事开篇，女主（二代魔女）满身是血地从研究所走出，首次与外界接触，随后被善良的庆熙姐弟救下。魔女的现身引发多方势力关注，其中包括第一部中白博士找来的雇佣兵，以及一代魔女拜托追查妹妹踪迹的上海研究所超能力者等。各方势力为了各自目的展开血腥大战，场面激烈。此外，第二部还对“魔女世界观”进行了补充，揭示除了神秘公司外，还存在另外两个神秘组织，并且一代魔女的“S”级在升级后的超能世界中似乎不再稀少。
对于谁才是原始魔女，存在一种观点认为二代魔女才是原始胎儿，具子允是分裂出来的妹妹。由于她们都存在遗传缺陷，需要母亲的骨髓才能完全治好，所以具子允才会放出妹妹，一同去寻找妈妈。
