在未来，天空中突然出现了巨大水瓶，它倾倒出大量的水和魔物，导致大陆被淹没，世界面临毁灭。为了拯救世界，三个来自未来的少年——迪恩、波鲁纳雷夫、米露菲，与达姆镇的长老之女雪琉一起踏上了旅程。在离别前的夜晚，故事开始了。故事的开头是密码输入的教学，接着是角色命名，随后是战斗教学。雪琉在迪恩启程前前来送行，这表明她对迪恩的友情深厚。第二天，长老向他们透露，是名叫伯拉纠的人将他们从未来带到过去，并递给他们一台时间机器。在告别村庄的孩童奈美西斯和迪奥尔后，长老带领他们前往神殿，展示了索尔神制造的能穿越时光的飞行器“史缇斯洛斯”。雪琉也加入队伍，而长老告诉他们飞行器缺少零件，需要他们收集。正式的冒险流程开始于前往北塔，第四层击败石头怪后，从其身后的宝箱中获得了能过海的法术。游戏画面展现了这一过程。从圣道向左过海，经过伊雷姆街道，到达伊雷姆镇。在那里，他们遇见克洛诺斯并得到了“过去传送”技能。他们了解到需要回到神殿设置部件。回到神殿，他们遇到了一个变异青蛙，声称是按照主人的命令要杀害收集部件的人，击败它后，他们进入史缇斯洛斯的驾驶舱区域进行设置，并成功返回15年前的过去。途中，他们遇到了自称汪达拉的埃及法老，他开启了时间机器的过去驱动功能。在过去的旅程中，他们从神殿出发前往圣道，遇见了15年前的长老。汪达拉则帮助他们开启了时间机器的过去驱动功能，允许他们在战斗中使用它。在伊雷姆镇，他们找到了大婆婆打听关于史缇斯洛斯的消息。在途中，他们得知村里的孩子芙蕾雅被魔物道格拉抓走了，他们决定去救她。在地下二层，他们遇到了被操纵的芙蕾雅，并击败了她。之后，他们到达地下一层，遇见了道格拉。击败他后，他们得到了驱动引擎。回到伊雷姆镇，大婆婆教授了他们潜水法术。为了保护芙蕾雅，他们将她带入队伍。他们还遇见了小时候的克洛诺斯，得知了部件的下落。他们从伊雷姆街道继续前进，到达雷伊镇，从道具店打听部件的位置，得知需要前往沙漠遗迹。在三层发现宝箱后，克洛诺斯决定不打开它。回到神殿，他们通过“过去传送”返回现实世界，途中再次遇到了旺达拉，他开启了现在驱动。回到现实世界后，他们前往达姆镇，旺达拉来找克洛诺斯，告诉了他过去的事情。他们决定去找革命军，一个抗击魔物的组织。在革命军基地柏帕都市，他们见到了迪奥尔，并得知索尔神被拉格纳诱拐。他们得知史缇斯洛斯2号机在浮游大陆，并且必须去那里夺回时空传送。在前往浮游大陆的途中，他们与旺达拉再次相遇。飞行器发生故障，但最终他们成功到达浮游大陆，并找到了遥控装置。他们继续前进，最终到达异次元，解救了被困的索尔神和奈美丽丝等人。他们还得到了王者之剑，准备去挑战拉格纳。他们前往哈米特村，与芬利尔战斗，救出了奈美丽丝。在与芬利尔战斗的过程中，他们得知需要王者之剑来击败拉格纳。在哈米特村，他们救下了巴尔赛，并获得了所罗门之剑。接下来，他们继续收集部件，修复了飞行器，并通过地下世界找到了拉格纳。在与拉格纳的最终战斗中，他们成功击败了他，拯救了世界。最后，他们与梅尔洛兹告别，梅尔洛兹对战斗训练机进行了改进，为他们未来的战斗做好了准备。在新达姆镇，他们遇到了约比塔，结束了这次冒险旅程。
