1982年春天，江州市检察院检察长方钊被组织调任为人大主任，接替的谭主任是他的老上级，也是战功显赫的革命军人。在1948年江州解放前夕，方钊对谭主任的智勇和学识深感敬佩，谭主任曾一手创建了江州市的检察机构，培养了包括方钊在内的众多干部。
此时，面临中央关于纠正冤假错案的新指示，方钊在卸任前决定重审曹飞的案件，以免留下遗憾。曹飞案曾由方钊负责，当时谭主任在检察院判定曹飞因投敌叛变被捕。然而，方钊在曹飞的申诉中察觉到可能的冤情，怀疑曹飞并非叛徒。
三十年前的记忆浮现，关键线索在于已牺牲的李子豪，他在福音诊所担任掩护，陈韵梅是他的联络员。李子豪牺牲前，一部中文版圣经可能隐藏着秘密。在现今的人大资料楼，一根柱子下发现了那本圣经，揭示了曹飞的清白。实际上，曹飞被捕是因为要阻止敌人破坏江州大坝，李子豪为营救他并转移情报，以身殉职。圣经的秘密洗清了曹飞的罪名，昔日战友在理解和信任中重聚。
圣经里的秘密由中央电视台电影频道节目中心出品，主要介绍了1982年春，江州市检察院检察长方钊接到组织上的通知，出任江州市人大主任。复查曹飞的案子，曹飞的案子当年是方钊负责审理、现任市人大谭主任在检察院工作时定论的案子。1952年秋，检察院以曹飞在江州解放前夕投敌叛变出卖同志为名，对曹飞予以批捕。
