Northern杂交、Southern杂交和Western杂交的主要区别如下：
研究对象不同：
Southern杂交：主要研究对象是DNA。它利用琼脂糖凝胶电泳分离经限制性内切酶消化的DNA片段，然后将这些DNA片段转移至固相支持物上，与标记的探针进行杂交，从而检测特定DNA分子的含量。
Northern杂交：研究对象是RNA。与Southern杂交不同，总RNA不需要进行酶切，而是直接以各个RNA分子的形式存在并应用于电泳。然后，将RNA从琼脂糖凝胶中转印到硝酸纤维素膜上，与探针进行杂交检测。
Western杂交：研究对象为蛋白质。它采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离蛋白质样品，然后将这些蛋白质转移到固相载体上，与特异性抗体进行免疫反应，再与标记的第二抗体反应，最后通过显色或放射自显影检测特异性目的基因表达的蛋白成分。
实验原理及流程差异：
Southern杂交：包括核酸分子的印迹和分子杂交两个主要过程。印迹是将待测定核酸分子转移并结合到固相支持物上，杂交则是固定于膜上的核酸与标记的探针进行退火反应。
Northern杂交：在变性条件下进行RNA样品的琼脂糖凝胶电泳，然后按照与Southern杂交相似的原理进行转膜和杂交检测。
Western杂交：以聚丙烯酰胺凝胶电泳分离的蛋白质样品为基础，通过免疫反应检测特异性蛋白质。其“探针”是抗体，“显色”则通过标记的第二抗体实现。
综上所述，Northern杂交、Southern杂交和Western杂交在研究对象、实验原理及流程上均存在显著差异，分别适用于DNA、RNA和蛋白质的检测与分析。
