赛尔号飞船内部总共有11个房间，外部还有两个太空站，它们的具体功能和特点1、船长室：在船长室可以与罗杰船长对话接任务，可以在巡逻登记处接每日巡逻任务，可以查看飞船手册和船员公约。2、实验室：在实验室可以进行道具购买、精灵融合、精灵鉴定、精灵探测、精灵进化、技能唤醒、博士提问等操作，另外还可以接受精灵收集奖励任务。3、资料室：在实验室可以查看以往所有的航行日志，进行帐号安全设置，进行时空密码解读，查看赛尔号的各种实用资料，通过赛尔放映厅观察游戏当中的动画FLASH。4、了望仓：通过了望仓到达了望露台等场景，另外还可以与机械人对话接剧情任务。5、了望露台：这里是开通超能NoNo的小赛尔经常会来的地方，在这里可以进行金币兑换、付费道具购买、经验卷兑换（1万/10万）、领取精灵扭蛋卷、玩精灵扭蛋机等操作。6、荣誉大厅：通过与授勋官克罗的对话，查询和变更小赛尔的军衔7、动力室：在动力室进行能源兑换，将采集回来的能源变卖为赛尔豆，物质转换仪可以让小赛尔进行物质转换，发电设置则是日常任务其中一个地点。8、传送仓：这里是小赛尔们每次进入游戏后的默认出现地点，大家可以从传送仓直接传到其他地点。另外，还可以与主播纽斯对话，查看最新的赛尔新闻。9、机械室：在机械器，赛尔可以更换机械人的涂装颜色，可以领取一些特殊设备（包括挖矿钻头），可以进行装备修复，还可以在赛尔工厂那里购买机械人套和实用物品。10、教官办公室：在这里可以找总教官雷蒙，接教官考核系列任务。领取要塞保卫战的装备，用战队勋章兑换装备和物品，可以查看战队排名，可以挑战试炼之塔和海盗训练场。11、发明室：在发明室可以领取普通NoNo，造成NoNo芯片的操作。很多人关心的每周礼包和每月礼包，也是在发明室领取。另外，开通超能NoNo的小赛尔，还可以在这里领取精灵和超能芯片，以及给超能NoNo续费。12、精灵太空站：简单来说，赛尔号里面几乎所有重要的活动和挑战，包括勇者之塔、战斗阶梯、命运之轮、精灵王对战、暗黑武斗场、精灵大乱斗、擂台赛、大师杯等等，都是在精灵太空站进行。当然，这里不再仅仅是一个房间，它本身由几个场景组成。13、英佩恩堡垒：用训练基地来形容英佩恩堡垒是最适合不过的，这里可以进行各种组队训练。在堡垒二层，可以进行1K经验券的兑换。
