《爸爸去哪儿》第二季在云南的拍摄主要集中在两个极具特色的地区：
建水县（红河哈尼族彝族自治州）
这座国家历史文化名城以古建筑群著称，节目中出现的朱家花园是滇南现存规模最大、保存最完整的清代民居建筑群，占地2万多平方米，有"滇南大观园"之称。孩子们在这里体验了紫陶制作，建水紫陶是中国四大名陶之一，特有的阴刻阳填工艺已传承六百余年。
普者黑景区（文山壮族苗族自治州丘北县）
这个国家级风景名胜区以喀斯特岩溶地貌闻名，节目中爸爸们划船经过的仙人洞湖，实际由300多个溶洞和50多个湖泊组成。当地撒尼人的传统民居土掌房，其平顶设计既适应当地少雨气候，又形成独特的村落景观。节目中摸鱼环节是在青龙山脚下的湿地进行的，这里盛产的荷花鲤是壮家待客的重要食材。
补充说明：
两个拍摄地相距约300公里，节目组特意选取了滇东南最具代表性的文化景观。建水古城始建于唐代，现存朝阳楼比天安门还早28年；而普者黑在彝语中意为"鱼虾丰美的池塘"，三生三世十里桃花等影视剧也曾在此取景。当地特色的汽锅鸡、烧豆腐、五彩糯米饭等美食在节目互动环节都有体现。
