《少年包青天》金大夫（金匮）杀人的真相是，他的三位弟子为维护其名声，杀害了他即将迎娶的少女如心，他于是决定复仇。
金匮是《少年包青天3》中虚构的神医，医术高超但晚年健忘。他的弟子们担心师父娶少女会影响其名声，便痛下杀手，暴露了人性中的自私与虚伪。金匮患上健忘症后，仍决心为少女如心复仇。他先假装健忘，然后逐一杀死了三名弟子，甚至一度忘记自己的杀人行为。
最终，包拯揭露了真相，而此时金匮已将医书《金匮秘籍》投入火中烧毁，以断绝医术传承，了结了这段恩怨。这一事件留下了无尽唏嘘，也凸显了人性的复杂和因果报应的无常。
