《梅林传奇》第三季剧情核心围绕莫根娜的复仇与卡美洛王国的危机展开。本季共13集，由杰里米·韦布执导，朱利安·琼斯编剧，延续了亚瑟王传说与魔法师梅林的奇幻冒险主题。
故事开篇设定在梅林成为降龙者一年后。乌瑟王派遣亚瑟率领军队搜寻失踪的莫根娜（安琪儿·库碧饰），并将其带回卡美洛。然而，此时的莫根娜已彻底黑化——她被姐姐莫高斯（凯蒂·麦克格雷斯饰）蛊惑，成为潜伏在王国内的奸细，目标直指摧毁乌瑟的统治并夺取王位。她通过魔法制造瘟疫、操控梦境等手段，试图瓦解卡美洛的核心势力，甚至多次策划暗杀乌瑟与亚瑟（布莱德利·詹姆斯饰）。
梅林（科林·摩根饰）成为莫根娜计划的最大阻碍。他凭借魔法与智慧，屡次识破并挫败莫根娜的阴谋，例如揭穿她制造的“黑死病”骗局、阻止她利用巨龙之血发动诅咒。两人在魔法与权力的博弈中逐渐形成对立，而莫根娜的邪恶手段也愈发极端。
剧情关键转折点在于莫根娜的身世揭露。她意外得知自己竟是乌瑟的亲生女儿，这一身份赋予她合法继承王位的权利。在莫高斯的协助下，莫根娜利用魔法控制亚瑟的贴身侍卫、伪造预言等手段，试图让亚瑟陷入不义之地，进而动摇民众对王室的信任。卡美洛王国因此陷入内忧外患：外部有敌对势力虎视眈眈，内部则因莫根娜的挑拨而人心惶惶。
本季以高悬念收尾。莫根娜最终联合莫高斯发动政变，亚瑟的王位岌岌可危，而梅林必须在保护亚瑟与揭露真相间寻找平衡。第三季通过魔法、权谋与亲情的交织，深化了角色间的矛盾，也为后续亚瑟统一不列颠的传奇埋下伏笔。
