《新燕子李三》以军阀混战、抗日战争、解放战争为背景，讲述了燕子门师兄弟妹三人因不同理念、不同信仰走向不同道路的故事，具体剧情如下：
初涉江湖：民国初年，燕子门第十二代掌门人李曜遭徒弟背叛遇害，师弟李显带领大徒弟李云飞、女儿兼二徒弟李云馨、三徒弟李云龙隐姓埋名。多年后，三人长大成人，为取回李曜的燕子玉佩，云馨用美人计，与云飞、云龙成功拿回玉佩。期间，云龙发现高旅长是杀父仇人虞大寿，将其杀害，因违反门规受到惩处，同时对师姐云馨心生爱慕。
济南风云：因云龙杀人事宜惊动军方，李显决定前往济南。火车上，云飞对白凝一见钟情。到济南后，他们粉碎了田中秀光走私鸦片之事。李云鹤找到燕子门，邀其加入国民党，云龙对加入国民党不感兴趣，却跟他学了枪法。云龙为给秋红赎身盗宝源钱庄，韩主席派人抓“燕子李三”，云飞为不牵连百姓自首，云馨绑架谭家麟相好绿牡丹，迫使谭家麟放人。
信仰分歧：云飞爱上白凝后加入共产党，金钱豹大闹济南，李显和云飞教训了他们。云馨提议联合共产党偷盗日本银行，云龙因想和师姐在一起未参与。李显中金钱豹埋伏受伤，云龙被桂芳救走。之后，云馨助云飞获得掌门之位，云龙对此不满。云馨被抓，云龙为救她被日本人控制，还染上毒瘾。
门派分裂：太平洋战争爆发，燕子门杀死为日军抓慰安妇的金钱豹。桂芳接到杀云龙命令，但因对其有感情未下手。李显被日本人杀害，桂芳等人诬陷云龙，燕子门分裂。李云鹤利用云龙弱点，让他捣毁共产党地下情报站，秋红劝其改邪归正无果。
最终结局：云馨报仇未果，也无法与云飞在一起，最终遁入空门。
