在Zi行星，一群被称为机兽的金属生物体拥有惊人战斗力，但必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。古代的超高科技文明在一场被称为“众神之怒”的大灾难中毁灭，一部分人类逃至天空建立了天空之都，残存的人类失传了那些超高科技。如今，人们找到的机兽是古代文明的遗物。
Zi行星的迪加鲁特国家在十多年前与天空之都签订了科技生产机兽的条约，变得强大，并积极侵略其他地方。故事主角鲁治居住在美洛都村，村民从水中打捞出一只机兽村雨长牙狮。不久，迪加鲁特的机兽袭击了该村，鲁治成功操控村雨长牙狮对抗袭击者。然而，村民依赖的树状发电机被破坏。为了村庄的存续，鲁治与拥有机兽的勒金和蕾美离开村庄，寻找修理发电机的技师。
鲁治在寻找技师的过程中，遇到了歌特娜、加拉加等同伴，并目睹了迪加鲁特的暴行。他逐渐认识到，即使找到技师，只要迪加鲁特存在，美洛都村就不会有安宁。于是，鲁治主张以打倒迪加鲁特为首要目标。在前领主勒金的领导下，他们号召各地反迪加鲁特志士加入他们，组成迪加鲁特讨伐军，展开全面抗争。
天空之都是为了取得红色凝胶与迪加鲁特交易，并采取了措施防止迪加鲁特的威胁，却没想到派遣到迪加鲁特的人竟然会背叛天空之都。
《索斯机械兽V》（日文原名：ゾイドジェネシス，台湾译《机兽创世纪》）是一部日本电视动画，又名索斯 创世纪，为索斯机械兽系列的第五辑，但与以前的四辑没有直接关系。该动画由东京电视台及小学馆制作，自2005年4月至2006年3月在东京电视台首播，共50集。2008年3月25日起在香港亚洲电视本港台首播。由于索斯机械兽动画第2辑（ガーディアンフォース篇）是第1辑的延续，所以《索斯机械兽V》也可以当作该动画系列的第4辑。在日语的定义中ゾイド是指索斯，而ジェネシス是指创世纪，所以某定义上，此动画可以称为索斯创世纪。（其他定义）
