DNA亲子鉴定结果不会直接标注“100%”，否定准确率近100%，肯定准确率99.99%，是最常用且准确的检测方法，其他方法准确性均不如它。 具体分析如下：
DNA亲子鉴定技术依据遗传学原理，运用现代生物技术提取和检测被鉴定者特定DNA片段，并对结果计算分析得出结论。以常染色体短串联重复序列（STR）分析为例，孩子拥有22和25，妈妈拥有22和23，那么爸爸就一定有一个25。
实际检测涉及大量数据计算，亲权指数（PI）是亲子关系鉴定中判断遗传证据强度的指标，多个遗传标记时，累积亲权指数（CPI）为n个遗传标记的亲权指数相乘。衡量亲子关系可能性大小的亲权概率（RCP）=CPI / (CPI + 1)=1 - 1/ (CPI + 1)，其计算结果不可能等于100%或1，只能无限趋近。当累积亲权指数小于0.0001时，亲权概率无限趋近于0，支持被检测人不是孩子生物学父亲/母亲的假设；累积亲权指数大于10000时，亲权概率约等于0.9999，支持被检测人是孩子生物学父亲/母亲的假设。
DNA鉴定结论基于遗传学和统计学原理，通过概率分析获得。任何概率方法解读的误差和错误都可能引起对DNA证据的误解以及与DNA有关事实结论真实性不符的不准确结论。无论鉴定结果是支持亲生还是不支持，都是概率分析结果，概率分析不能做出绝对的“否定”或“排除”结论。所以正确表述为：累积亲权指数为……（小于0.0001），亲权关系概率小于0.01%，排除A为B的生物学父亲；累积亲权指数为……（大于10000），亲权关系概率大于99.99%，支持A为B的生物学父亲。
基因检测产品研发的技术专家赵俊义提到，与20年前比，准确率在提升。DNA亲子鉴定技术的否定准确率近100%，肯定准确率99.99%。
从样本发现、检材提取，到DNA鉴定实施，再到法庭的举证、认证等，每个环节都需要人的参与，可能会因主观故意或过失出现错误。如果被检测的DNA样本不足够完整或质量较低，可能直接导致测试结果不准确。比如DNA亲子鉴定取样的毛发必须是连根拔下、连着毛囊的，而不能是剪下来的，否则无法提取DNA。
鉴定技术原理上的局限性、外界环境因素的影响、鉴定技术应用上的误差等都可能造成错误。例如，DNA生物样本发生遗传变异（包括基因沉默、基因缺失、基因互换、基因突变、弱抗原、嵌合体抗原等生理和病理变异），可能导致错误否定父权结论；DNA生物检材因各种环境或理化因素存在一定程度的降解，会影响DNA分型技术的有效应用；分子实验因各种原因导致精确性低，图谱不清晰，也会产生误判。
按参与人数，亲子鉴定可分为父母子均参与的三联体亲子鉴定和父子或母子参与的单亲亲子鉴定，后者因缺少父母一方的遗传信息，鉴定过程中可能发生STR基因座突变现象，影响准确性。华中科技大学2023年的一项研究发现，单亲亲子鉴定因缺少父母一方的遗传信息，检测的精确度明显低于三联体亲子鉴定，鉴定结论只能描述为排除亲子关系或不排除亲子关系，还可能导致无关个体被错判为生父或生母的风险增大。不过，鉴定实验室会有不同的人分不同批次对每一份结果进行复核，进一步降低出错概率。
通过对血型的检验比对来确定亲子关系。孟德尔遗传定律指出，人类的血型会遗传给下一代，子女的血型与父母的血型有重要联系。各血型系统具体规律有所不同，以ABO血型系统为例，A型血和A型血的人在一起，生育的孩子只可能是A型或者O型，不可能出现B型或者AB型；AB型血和AB型血的人在一起，生育的孩子只可能是A型、B型或者AB型，不可能出现O型。
从理论上来说，能检验的血型越多，准确性就越高。但当前世界人口众多，检测出血型相同的人很多，因此血型鉴定的结果更多只能作为否定亲生关系的根据，而不是肯定的证据。
我国早期曾采用，需要大量血液样品，准确性只有80%。结合血型亲子鉴定，能在一定程度上提高准确度，但仍不如DNA鉴定。
20世纪80年代出现，染色体多态性又称异态性，是指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异，比如随体区增大等，这种多态可以遗传。不过，这项技术主要靠技术人员观测并判断，准确度不算高。
现在DNA亲子鉴定出现的这种方法，SNP突变频率低，样本即使降解，对结果影响也不大；SNP位点更多，能检测到70万左右的SNP位点，准确性更高。
